Kancelaria HWW Hewelt Wojnowski Lindner i Wspólnicy z sukcesem reprezentowała spółkę technologiczną pełniącą rolę Lidera konsorcjum naukowo-przemysłowego w sporze z Dyrektorem Krajowej Informacji Skarbowej. Naczelny Sąd Administracyjny wyrokiem z dnia 3 lipca 2026 r. (sygn. akt I FSK 1994/23) w całości oddalił skargę kasacyjną organu podatkowego od korzystnego dla Klienta wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie (sygn. akt III SA/Wa 563/23). NSA ostatecznie przesądził, że środki z dofinansowania przekazywane przez Narodowe Centrum Badań i Rozwoju na realizację projektu badawczo-rozwojowego mają charakter dotacji kosztowej, nie stanowią wynagrodzenia za czynności podlegające opodatkowaniu i nie wchodzą do podstawy opodatkowania podatkiem od towarów i usług na podstawie art. 29a ust. 1 w zw. z art. 5 ust. 1 pkt 1 ustawy o VAT.
Geneza sprawy – błędna interpretacja KIS
Klient Kancelarii HWW, jako Lider konsorcjum, zawarł umowę o wykonanie i finansowanie projektu badawczo-rozwojowego z Narodowym Centrum Badań i Rozwoju. Zgodnie z warunkami konkursu i umowy, Lider oraz konsorcjanci zobowiązali się do realizacji prac B+R, a także do przeniesienia na rzecz Skarbu Państwa praw własności powstałych prototypów i demonstratorów oraz do udzielenia Skarbowi Państwa licencji. Spółka wystąpiła do Dyrektora KIS z wnioskiem o wydanie interpretacji indywidualnej w celu potwierdzenia, że otrzymywane transze dofinansowania z NCBR nie podlegają opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług, gdyż stanowią dotację o charakterze zakupowym (pokrywającą koszty projektu), a nie dopłatę bezpośrednio wpływającą na cenę jakichkolwiek towarów czy usług.
Dyrektor KIS w interpretacji z 12 grudnia 2022 r., znak: 0114-KDIP4-2.4012.400.2022.2.KS uznał stanowisko Klienta za nieprawidłowe, twierdząc, że:
- realizacja projektu ma charakter jednorodnego i celowego świadczenia na rzecz Skarbu Państwa, za które Liderowi konsorcjum przysługuje skonkretyzowane wynagrodzenie w postaci dotacji;
- zobowiązanie do przeniesienia własności prototypów, demonstratorów oraz udzielenia licencji na rzecz Skarbu Państwa przesądza o istnieniu odpłatnego świadczenia podlegającego opodatkowaniu VAT;
- w konsekwencji środki przekazywane przez NCBR stanowią podstawę opodatkowania w rozumieniu art. 29a ust. 1 ustawy o VAT i podlegają opodatkowaniu stawką podstawową 23%.
Argumentacja prawna Kancelarii HWW
W imieniu Klienta Kancelaria HWW zaskarżyła interpretację do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie, wykazując brak bezpośredniego związku pomiędzy kwotą dofinansowania a jakimkolwiek świadczeniem wzajemnym. Kluczowe filary argumentacji Kancelarii HWW objęły:
- Kosztowy charakter dofinansowania z NCBR:
Zgodnie z art. 29a ust. 1 ustawy o VAT (oraz art. 73 Dyrektywy 2006/112/WE) do podstawy opodatkowania wlicza się wyłącznie dotacje mające bezpośredni wpływ na cenę sprzedaży towarów lub usług świadczonych przez podatnika. Dotacja z NCBR służy wyłącznie sfinansowaniu kosztów kwalifikowalnych prac badawczo-rozwojowych, a beneficjent nie może przeznaczyć środków na inne cele. Dotacje o charakterze popytowym/zakupowym nie podlegają opodatkowaniu VAT.
- Brak ekwiwalentności i stosunku zobowiązaniowego ze Skarbem Państwa:
Warunkiem opodatkowania jest istnienie bezpośredniego stosunku prawnego między usługodawcą a konsumentem świadczenia. Dofinansowanie z NCBR nie stanowi zapłaty za prototypy ani za licencję – prawo do otrzymania dotacji wynika z realizacji etapów badawczych i przysługuje niezależnie od tego, czy licencja zostanie w przyszłości skutecznie udzielona. Ewentualne przeniesienie praw lub licencjonowanie na rzecz Skarbu Państwa następuje nieodpłatnie i wynika z reżimu administracyjno-prawnego konkursu, a nie ze stosunku wzajemnej odpłatnej sprzedaży.
- Ugruntowana linia orzecznicza TSUE i NSA:
Kancelaria oparła skargę na bogatym orzecznictwie Trybunału Sprawiedliwości UE (m.in. wyrok w sprawie C-184/00 Office des produits wallons) oraz utrwalonej linii Naczelnego Sądu Administracyjnego w sprawach grantów NCBR (m.in. wyroki NSA o sygn. akt I FSK 1876/18, I FSK 2056/17, I FSK 1849/18, I FSK 217/21 oraz I FSK 1291/18), którą organ podatkowy w wydanej interpretacji bezpodstawnie zignorował.
Rozstrzygnięcie WSA w Warszawie i skarga kasacyjna KIS
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie wyrokiem z dnia 14 lipca 2023 r. (sygn. akt III SA/Wa 563/23) w całości uwzględnił skargę Kancelarii HWW i uchylił zaskarżoną interpretację indywidualną. Sąd I instancji w pełni podzielił stanowisko Spółki, wskazując, że dofinansowanie z NCBR nie stanowi wynagrodzenia za świadczenie usług, nie wpływa bezpośrednio na cenę i nie wchodzi do podstawy opodatkowania VAT. WSA wytknął ponadto organowi naruszenie zasady prowadzenia postępowania w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych (art. 121 § 1 Ordynacji podatkowej) poprzez pominięcie jednolitej linii orzeczniczej sądów administracyjnych.
Dyrektor KIS zaskarżył wyrok w całości do Naczelnego Sądu Administracyjnego, zarzucając Sądowi I instancji błędną wykładnię art. 29a ust. 1 w zw. z art. 5 ust. 1 pkt 1 ustawy o VAT oraz szereg naruszeń procedury sądowoadministracyjnej.
Wynik postępowania, NSA w całości przyznał rację Klientowi
Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z dnia 3 lipca 2026 r. (sygn. akt I FSK 1994/23) w całości oddalił skargę kasacyjną Dyrektora KIS, potwierdzając prawidłowość wyroku WSA w Warszawie oraz zasadność argumentacji Kancelarii HWW.
Najważniejsze ustalenia wyroku NSA:
- Brak bezpośredniego związku ze sprzedażą: Sam fakt, że dofinansowanie pozwala zrealizować projekt i wpływa na kondycję finansową wnioskodawcy, nie oznacza, że stanowi ono dopłatę do ceny. Aby dotacja podlegała opodatkowaniu, musiałaby być bezpośrednio powiązana z ceną konkretnej usługi lub towaru nabywanego przez odbiorcę.
- Dotacja kosztowa pozostaje poza VAT: NCBR przekazuje środki na pokrycie kosztów badań i prac rozwojowych. Skarb Państwa nie płaci ceny za prowadzenie badań ani nie kupuje praw komercyjnych po dotowanej cenie, w związku z czym otrzymana dotacja nie stanowi obrotu w rozumieniu art. 29a ust. 1 ustawy o VAT.
- Odłączenie obowiązku licencyjnego od prawa do dotacji: Obowiązek przeniesienia prototypów lub udzielenia licencji Skarbowi Państwa jest wymogiem umownym o charakterze sankcyjnym/formalnym, który nie przekształca dotacji w wynagrodzenie wzajemne podlegające opodatkowaniu.
Znaczenie wyroku
Orzeczenie NSA stanowi istotne zabezpieczenie interesów podmiotów realizujących projekty badawczo-rozwojowe w ramach konsorcjów naukowo-przemysłowych dofinansowywanych ze środków publicznych (w tym programów NCBR czy PARP). Wyrok ostatecznie ucina profiskalną tendencję organów interpretacyjnych, które usiłowały opodatkować dotacje badawcze 23-procentowym podatkiem VAT pod pretekstem przekazywania praw do wyników badań na rzecz państwa.
Zespół prowadzący sprawę
Za prowadzenie sprawy po stronie Kancelarii HWW odpowiadali:
- Mikołaj Hewelt, Partner, Adwokat, Doradca Podatkowy;
- Mateusz Kowalski, Radca Prawny, Doradca Podatkowy;
- Piotr Magda, Radca Prawny.
Łączy je rodzaj podatku, a nie zagadnienie opisane powyżej. Interpretacja indywidualna wiąże w sprawie tego, kto o nią wystąpił.
Masz pytanie podatkowe albo spór z urzędem?
Od tego pytania zaczyna się większość rozmów z prawnikiem. Opisz sprawę własnymi słowami. Sprawdzimy, czy możemy pomóc, i przedstawimy zakres, cenę oraz termin porady. Wycena nie zobowiązuje, a przepisy zostaw nam, od tego jesteśmy.
- 1 Rozmowa
Mówisz, co się dzieje, własnymi słowami.
- 2 Co dalej
Powiemy, jakie masz wyjścia i ile to kosztuje.
- 3 Działamy
Dajesz zielone światło i sprawa jest nasza.
Wolisz od razu porozmawiać? Umów konsultację.
HWW Hewelt Wojnowski Lindner i Wspólnicy to warszawska kancelaria prawna doradzająca przedsiębiorcom i podmiotom publicznym. Łączymy doświadczenie w prawie gospodarczym, energetyce, podatkach, ochronie danych osobowych i sporach sądowych, dostarczając rozwiązania dopasowane do realiów biznesowych klientów.
Poznaj kancelarię →Nie przegap kolejnej analizy
Co miesiąc najważniejsze nowelizacje i ich praktyczne skutki dla biznesu, zebrane i zinterpretowane przez prawników HWW.
