Kancelaria HWW Hewelt Wojnowski Lindner i Wspólnicy odniosła kolejny sukces w sporze z organami podatkowymi, skutecznie reprezentując spółkę z sektora biomedycznego. Sprawa, zakończona wyrokiem Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 13 listopada 2025 r. (sygn. akt III SA/Wa 1867/25), dotyczyła prawa do odliczenia podatku VAT naliczonego w kontekście określenia momentu dostawy oprogramowania. Wyrok ten stanowi istotną wskazówkę dla przedsiębiorców nabywających wartości niematerialne i prawne w postaci licencji na oprogramowanie.
Zarzuty organów skarbowych i ich podstawa
Spór dotyczył faktury dokumentującej nabycie przez klienta Kancelarii, spółkę z sektora biomedycznego, licencji na specjalistyczny system IT służący do doboru implantów. Zgodnie z zawartą umową oraz obustronnie podpisanym protokołem odbioru, oprogramowanie zostało udostępnione spółce za pośrednictwem zdalnego dostępu do serwera wirtualnego kontrahenta. Z tą datą spółka odliczyła podatek VAT naliczony wynikający z faktury w rozliczeniu za III kwartał 2014 r.
Organy podatkowe zakwestionowały prawidłowość tego rozliczenia. W ocenie Naczelnika Warmińsko-Mazurskiego Urzędu Celno-Skarbowego, a następnie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Warszawie, oprogramowanie zostało faktycznie dostarczone spółce dopiero w II kwartale 2015 r., w dacie zapisania plików na nośniku CD przedstawionym organowi podczas oględzin. Organy odmówiły tym samym spółce prawa do odliczenia podatku naliczonego w III kwartale 2014 r., kwestionując moment powstania obowiązku podatkowego po stronie dostawcy, a w konsekwencji, moment powstania prawa do odliczenia po stronie nabywcy.
Złożona historia postępowania
Sprawa miała wyjątkowo skomplikowany przebieg procesowy. Po wydaniu niekorzystnych decyzji przez organy obu instancji, spółka wniosła skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie, który oddalił skargę, podzielając stanowisko organów skarbowych.
Kancelaria HWW wywiodła skargę kasacyjną do Naczelnego Sądu Administracyjnego, który uchylił zaskarżony wyrok w całości i przekazał sprawę do ponownego rozpoznania. Naczelny Sąd Administracyjny stwierdził, że WSA dopuścił się istotnego błędu, pominął całkowicie analizę okoliczności faktycznych wskazujących na istnienie oprogramowania już we wrześniu 2014 r. oraz nie zbadał, czy w ramach swobody umów dopuszczalne było formalne przeniesienie licencji na program w fazie jego wdrażania. Wskazał również, że obciążanie podatnika negatywnymi skutkami wątpliwości, których same organy podatkowe nie zdołały jednoznacznie wyjaśnić, jest niedopuszczalne.
Ponownie rozpatrując sprawę, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w pełni przyznał rację spółce.
Argumentacja prawna Kancelarii i rozstrzygnięcie sądu
Działając w imieniu klienta, Kancelaria HWW konsekwentnie budowała linię argumentacyjną opartą na trzech filarach: analizie treści umowy i protokołu odbioru, zasadzie swobody umów oraz naturze prawnej licencji jako prawa majątkowego.
Po pierwsze, Kancelaria wykazała, że umowa zawarta między spółką a dostawcą oprogramowania jednoznacznie zobowiązywała kontrahenta do stworzenia systemu IT i udostępnienia go klientowi wraz z udzieleniem licencji. Protokół odbioru z września 2014 r. potwierdzał wykonanie tego zobowiązania. Co więcej, prace nad oprogramowaniem prowadzone były w dwóch etapach, zakończonych właśnie 30 września 2014 r., co oznaczało, że istotna część programu istniała już wcześniej i była gotowa do przekazania.
Po drugie, Kancelaria podkreśliła, że przepisy podatkowe nie mogą modyfikować stosunków cywilnoprawnych ukształtowanych zgodną wolą stron. Zgodnie z art. 353¹ Kodeksu cywilnego, strony umowy mają pełną swobodę co do formy i treści przekazania licencji, w tym prawo do przeniesienia praw do oprogramowania poprzez udostępnienie zdalne, bez konieczności jego zapisania na fizycznym nośniku danych. Organ podatkowy, uzależniając moment dostawy od daty zapisu na płycie CD, dopuścił się nieuprawnionej ingerencji w stosunek prawny ukształtowany zgodnie z prawem.
Po trzecie, Kancelaria wskazała, że istota licencji polega na przeniesieniu prawa, nie zaś na faktycznym korzystaniu z przedmiotu licencji. Licencjobiorca uzyskuje prawo do korzystania z oprogramowania w momencie oznaczonym przez strony umowy licencyjnej, i od tej chwili to wyłącznie od jego woli zależy, czy i kiedy z tego prawa skorzysta. Brak faktycznego użytkowania systemu w dacie odbioru nie niweczy ani samego przeniesienia prawa, ani związanego z nim prawa do odliczenia podatku VAT naliczonego.
WSA w Warszawie, ponownie rozpatrując sprawę pod wpływem wytycznych NSA, w pełni podzielił tę argumentację. Sąd stwierdził, że organy skarbowe bezpodstawnie twierdziły, iż 30 września 2014 r. nie doszło do przeniesienia kompletnego przedmiotu umowy. Faktura i protokół odbioru, w świetle analizy umowy i zasad swobody kontraktowej, potwierdzały, że do świadczenia usługi doszło właśnie w III kwartale 2014 r., a spółka była uprawniona do odliczenia podatku naliczonego w tym właśnie okresie rozliczeniowym.
Efekty działań i ochrona interesów klienta
Wyrokiem z 13 listopada 2025 r. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie uchylił decyzje organów obu instancji i umorzył postępowanie administracyjne, stwierdzając brak podstaw do jego dalszego prowadzenia.
Dzięki skutecznej reprezentacji przez HWW spółka działająca w sektorze innowacji biomedycznych uniknęła negatywnych skutków wieloletniego sporu podatkowego i uzyskała potwierdzenie, że jej rozliczenie VAT za III kwartał 2014 r. było prawidłowe.
Znaczenie sprawy i jej konsekwencje
Sprawa stanowi ważny precedens dla wszystkich przedsiębiorców nabywających licencje na oprogramowanie lub inne wartości niematerialne i prawne, w szczególności, gdy dostawa następuje w formie zdalnej, przez serwer wirtualny, chmurę lub inny kanał cyfrowy, bez fizycznego nośnika danych.
Wyrok potwierdza, że organy podatkowe nie mogą samodzielnie redefiniować momentu wykonania usługi wbrew postanowieniom umowy i woli stron, jeżeli umowa ta jest zgodna z prawem i protokół odbioru został sporządzony. Wskazuje również, że brak faktycznego korzystania z oprogramowania w dacie jego prawnego przekazania nie podważa prawa do odliczenia podatku naliczonego. Wreszcie, co szczególnie istotne w kontekście procesowym, rozstrzygnięcie NSA z maja 2025 r. stanowi przypomnienie, że wątpliwości faktycznych nierozwiązanych przez organy podatkowe nie można przerzucać na podatnika jako podstawy odmowy jego uprawnień.
Sprawa pokazuje, że argumentacja prawna, łącząca analizę prawa cywilnego, podatkowego i orzecznictwa sądów krajowych i unijnych, może skutecznie chronić przedsiębiorców nawet w sprawach o zawiłej historii procesowej.
Zespół Kancelarii odpowiedzialny za prowadzenie sprawy
Za prowadzenie sprawy po stronie Kancelarii odpowiadali:
- Mikołaj Hewelt, adwokat, doradca podatkowy, doradca restrukturyzacyjny, partner,
- Mateusz Kowalski, radca prawny, doradca podatkowy,
- Piotr Magda, radca prawny.
Najczęściej zadawane pytania
Czy odliczenie podatku VAT za oprogramowanie zależy od fizycznego przekazania nośnika, takiego jak płyta CD?
Nie, prawo do odliczenia nie jest uzależnione od fizycznego nośnika danych. Strony umowy mają swobodę określenia momentu przeniesienia licencji, w tym poprzez zdalny dostęp do serwera, co jest równoważne dostawie. Organ podatkowy nie może narzucać wymogu zapisu na płycie, jeśli umowa i protokół odbioru potwierdzają przekazanie praw wcześniej.
Kiedy powstaje prawo do odliczenia podatku VAT naliczonego przy nabyciu licencji na oprogramowanie?
Prawo do odliczenia powstaje w momencie oznaczonym przez strony umowy licencyjnej, czyli w chwili prawnego przeniesienia prawa do korzystania z oprogramowania. Fakt, że nabywca nie korzystał jeszcze z systemu w dacie odbioru, nie niweczy tego prawa. Kluczowe jest spełnienie zobowiązania przez dostawcę zgodnie z treścią umowy.
Czy brak faktycznego użytkowania oprogramowania w dniu odbioru wpływa na możliwość odliczenia podatku?
Nie, brak faktycznego korzystania z programu nie podważa prawa do odliczenia podatku VAT. Istota licencji polega na przeniesieniu prawa majątkowego, a nie na natychmiastowym fizycznym użytkowaniu przedmiotu licencji. Odliczenie przysługuje od momentu, gdy nabywca może swobodnie dysponować nabytym prawem.
Jakie znaczenie ma protokół odbioru dla ustalenia momentu dostawy oprogramowania w celach podatkowych?
Protokół odbioru jest kluczowym dowodem na to, że dostawca wykonał swoje zobowiązania i przekazał oprogramowanie w określonym terminie. W połączeniu z treścią umowy potwierdza on, że świadczenie usługi miało miejsce w danym okresie rozliczeniowym. Organ podatkowy nie może ignorować tego dokumentu na rzecz własnych, niepotwierdzonych ustaleń.
Czy organy podatkowe mogą samodzielnie zmieniać moment dostawy oprogramowania wskazanym w umowie?
Nie, przepisy podatkowe nie mogą modyfikować stosunków cywilnoprawnych ukształtowanych zgodną wolą stron. Organ skarbowy nie może redefiniować momentu wykonania usługi wbrew postanowieniom umowy, jeśli jest ona zgodna z prawem. Wątpliwości faktyczne nierozwiązane przez organy nie mogą być przerzucane na podatnika jako podstawa do odmowy uprawnień.
Masz pytanie podatkowe albo spór z urzędem?
Od tego pytania zaczyna się większość rozmów z prawnikiem. Konsultacja jest płatna, 600 zł netto. Płacisz za realną poradę: powiemy, czy masz problem prawny, co da się z nim zrobić i ile to mniej więcej kosztuje. Na nic dalej Cię to nie wiąże, a przepisy zostaw nam, od tego jesteśmy.
- 1 Rozmowa
Mówisz, co się dzieje, własnymi słowami.
- 2 Co dalej
Powiemy, jakie masz wyjścia i ile to kosztuje.
- 3 Działamy
Dajesz zielone światło i sprawa jest nasza.
HWW Hewelt Wojnowski Lindner i Wspólnicy to warszawska kancelaria prawna doradzająca przedsiębiorcom i podmiotom publicznym. Łączymy doświadczenie w prawie gospodarczym, energetyce, podatkach, ochronie danych osobowych i sporach sądowych, dostarczając rozwiązania dopasowane do realiów biznesowych klientów.
Poznaj kancelarię →Nie przegap kolejnej analizy
Co miesiąc najważniejsze nowelizacje i ich praktyczne skutki dla biznesu, zebrane i zinterpretowane przez prawników HWW.
